熊说肿瘤| ctDNA的生物学特征、检测技术问题和临床应用方向
写在前面
ctDNA 生物学特征
肿瘤病理组织类型、部位、分期、肿瘤负荷
其他来源的 DNA 干扰
克隆性造血细胞产生的 cfDNA 携带的基因突变信息
不同采样时间
药物治疗
ctDNA 是由肿瘤细胞主动分泌或肿瘤细胞在凋亡或坏死过程中释放入循环系统的 DNA 片段;其丰度受多种因素影响,波动较大,在内外因素特别是治疗压力下,其携带的生物信息可能会发生演变,且受正常细胞胚系变异或克隆性造血细胞体系突变干扰,在临床检测和报告解读过程中应特别注意。(CACA 共识)
ctDNA 检测技术问题
分析前的影响
分析中的影响
用于 ctDNA 分析的抽血时间应根据临床问题进行谨慎选择,不同的因素会影响 ctDNA 的释放(如治疗、并发炎症过程和手术等)。为了检测术后 MRD,最好在手术后至少 1 周内进行;对于愈合时间较长的大手术,可能需要 2 周或更长时间。为了进行晚期癌症基因分型,应避免在治疗响应或未进展的治疗期间进行采样,以尽量减少假阴性。
取决于处理时间和使用的检测方法,在选择血样采集管时应谨慎。
如在提取 DNA 前进行血样采集,应于-80℃ 下长期储存,尽可能减少连续的冻融过程。
假阴性(实际存在于肿瘤中的相关突变未被检测到)是 ctDNA 检测的一个重要问题,可能是由于所分析的血浆 DNA 水平低、检测灵敏度不足或"非脱落"(non-shedding)肿瘤造成。
当检测容易含有克隆性造血突变的基因时,克隆性造血是 ctDNA 检测中出现假阳性的常见原因。对于临床治疗可及的抑癌基因如 DNA 修复基因的检测,建议同时分析血浆 DNA 和白细胞 DNA。对于这种检测,建议从接受血浆 ctDNA 检测的患者身上常规收集富集白细胞的 Buffy coat ,以便在必要时有可用的材料排除相关影响。
在 ctDNA 中可能检测到肿瘤易感基因的致病胚系突变(如 BRCA1、BRCA2、PALB2),检测这种变异需要用验证过的检测方法判断体系还是胚系。
临床基因分型检测在今后应该适用于评估肿瘤纯度,以便有助于医生进行真阴性预测。
ctDNA NGS 检测实验室质量管理需贯穿全程,ctDNA 收集、样本处理和自动化过程应按照标准化和临床验证程序进行,最大程度防范因操作差异而引发的假阴性可能。样本采集建议采用含细胞稳定剂的抗凝管,尽快完成血浆分离,提取的 cfDNA 建议在 24h 内进行后续检测,否则,置于-30°C 至-15°C 下储存并避免反复冻融。(CACA 共识)
ctDNA NGS 检测实验室质量管理需贯穿全程,ctDNA 收集、样本处理和自动化过程应按照标准化和临床验证程序进行,最大程度防范因操作差异而引发的假阴性可能。样本采集建议采用含细胞稳定剂的抗凝管,尽快完成血浆分离,提取的 cfDNA 建议在 24h 内进行后续检测,否则,置于-30°C 至-15°C 下储存并避免反复冻融。(CACA 共识)
检测报告信息
ctDNA NGS 临床检测报告应包含受检者基本信息、样本信息、实验室信息、检测项目、检测结果及变异解读、检测方法的实验室内部验证结果、检测局限性及不确定性以及进一步检测的建议等内容。实验室应建立报告 SOP,建议根据国内外文献、共识指南、临床试验证据和实践对检出的肿瘤基因突变进行分类或分级报告。(CACA 共识)
ctDNA 检测临床应用
晚期肿瘤基因分型
肿瘤检测部位的建议
晚期肿瘤基因分型应用建议
液体活检在晚期肿瘤中具有非常高的灵敏度和临床特异性,当其结果将影响标准治疗方案时可在常规实践中使用。同时也必须考虑到 ctDNA 检测的局限性。
建议将液体活检优先作为组织基因分型的替代选择,特别是对于临床上需要快速获得结果的侵袭性肿瘤,如晚期 NSCLC。这也适用于无法或不适合进行组织活检的情况。
用于基因分型的液体活检应在肿瘤进展时进行(不论是未接受治疗的还是后线治疗)。在肿瘤对治疗产生反应时收集样本,其敏感性会降低。
对于晚期肿瘤的基因分型,在临床实践中,RT-PCR、dPCR 和 NGS 检测之间的选择应根据可用性、报销情况和肿瘤特定情况下的 1 级可操作性基因变异的数量来确定。
在解释癌症易感基因(如 BRCA1、BRCA2、PALB2)的致病变异时应谨慎,需要进行有效的胚系检测以确认胚系或体细突变。
考虑到临床敏感性和阴性预测值,当液体活检未检测到可采取治疗的突变时,应建议进行组织检测。对于专家,如果能确认样本中存在足够 ctDNA,可能不需要进行组织检测。
ctDNA 检测对融合和拷贝数变异的敏感性较低,在有组织时应使用组织检测。
所有的肿瘤科医生都应该有机会接触 MTB,在使用 ctDNA 检测前期进行学习,以确保检测结果的正确解读,对疑难病例则应该进行讨论以确保做出合理决策。
晚期肿瘤动态监控
用于早期疗效评估的 ctDNA 动态分析
纵向监测用于发现耐药突变
未来研究方向
晚期肿瘤监测建议
早期肿瘤 MRD 和分子复发监测
未来 MRD 临床试验的考虑内容
前瞻性随机临床试验,主要目的是评估 ctDNA 检测结果用于指导辅助治疗或监测策略。
前瞻性-回顾性研究,使用主要目的不是为了评估 ctDNA 指导管理(通常作为探索性终点)而进行的前瞻性试验中收集的血样。需要两个或更多的独立研究产生类似的结果来确定临床效用。
确定性治疗几周后:研究 ctDNA 检测是否可以用于 ctDNA 阴性患者的降阶治疗和/或 ctDNA 阳性患者的强化治疗。可以使用非劣效性(用于降阶策略)和优效性(用于升阶策略)设计。
完成标准辅助治疗后不久:主要目的是研究额外 "二线 "或 "辅助治疗后 "的新疗法是否能提高可检测到 ctDNA 但影像学上没有疾病证据患者的治愈率。
监测期间:确定与标准监测方案相比,ctDNA 指导的监测是否可以更早发现复发,让更多患者接受根治性转移切除或改善患者生存。
早期肿瘤 MRD/MR 建议
对早期肿瘤进行治愈性治疗后使用有效检测方法进行 ctDNA 检测可以预测复发风险,多项研究已经表明了其临床有效性。
在常规实践中并没有足够前瞻性临床证据证明 MRD 指导下的治疗可以改善疗效或安全降阶治疗。
早期或晚期协助肿瘤初步诊断
对无症状人群进行筛查
ctDNA NGS 临床检测报告应包含受检者基本信息、样本信息、实验室信息、检测项目、检测结果及变异解读、检测方法的实验室内部验证结果、检测局限性及不确定性以及进一步检测的建议等内容。实验室应建立报告 SOP,建议根据国内外文献、共识指南、临床试验证据和实践对检出的肿瘤基因突变进行分类或分级报告。(CACA 共识)
晚期实体肿瘤分子靶向或免疫检查点抑制剂治疗开始后,基于 NGS 检测的 ctDNA 水平定量和动态变化分析,有望成为新兴的疗效评估途径。ctDNA MRD 检测是全新的个性化技术应用领域,尚难以建立通用性技术标准,亟待通过大样本、多中心、前瞻性的临床试验验证其临床效用。ctDNA NGS 检测在临床上用于靶向或免疫治疗评估和分层时,建议就检测价值、局限性和费用等进行充分知情。(CACA 共识)
在临床环境中,ctDNA NGS 检测可用于识别分子靶向治疗的耐药机制,尤其对于疑难复杂的肿瘤患者,该结果有助于后续的治疗选择决策。免疫检查点抑制剂治疗获得性耐药机制复杂,治疗选择压力下的肿瘤亚克隆演进仅为其部分原因,ctDNA 靶向测序、全外显子和(或)全基因组检测仅作为其转化研究工具之一。(CACA 共识)
小结
深情点赞
有什么想聊的 我们留言区见